ggplot2优雅的绘制饼状热图
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最近看到一张非常有意思的图，暂且称之为饼状热图,与
corrplot所绘制的有所不同此图使用的为离散型变量，例图如下所展示；由于作者未提供原始数据，小编自己构建了一份数据来进行初步的展示
论文内容
Systematic profiling of the chicken gut microbiome reveals dietary supplementation with antibiotics alters expression of multiple microbial pathways with minimal impact on community structure
此图乍一看觉得似曾相识，但是仔细一看又会发现好像不是那么的容易；应该是没有现成的包来一步出图，由于作者也未有提供数据那只有靠猜数据结构来进行可视化了，
细节当然是很多，小编这次只是绘制主体图，细节问题留待以后再做介绍
加载R包
library(tidyverse) library(scatterpie) library(ggsci) library(cowplot)数据清洗
p <- read_tsv("data1.txt") %>% filter(Compartments %in% c("BS","RS","RE","VE","SE","LE")) %>% select(1,2,Compartments) %>% left_join(.,read_tsv("data2.txt") %>% column_to_rownames(var="FAPROTAX") %>% t() %>% as.data.frame() %>% rownames_to_column(var="Compartments") %>% pivot_longer(-Compartments),by="Compartments") %>% filter(Compartments=="BS", SampleID %in% c(read_tsv("data1.txt") %>% select(1) %>% distinct() %>% head(10) %>% pull())) %>% select(-value,-Compartments) %>% group_by(SampleID,name) %>% count(Phylum) %>% pivot_wider(.,names_from=Phylum,values_from = n)构建绘图数据
df <- p %>% left_join(.,p %>% select(name) %>% distinct() %>% rownames_to_column(var="lat"),by="name") %>% mutate(long=case_when(SampleID =="BCCCK1" ~1,SampleID =="BCCCK2" ~2,SampleID =="BCCCK3" ~3, SampleID =="BCCNPK1" ~4,SampleID =="BCCNPK2" ~5,SampleID =="BCCNPK3" ~6, SampleID =="BCCNPKM1" ~7,SampleID =="BCCNPKM2" ~8,SampleID =="BCCNPKM3" ~9, SampleID =="BHLCK1" ~10),lat=as.numeric(lat))绘制饼状热图
p1 <- ggplot(aes(x=long,y=lat),data=df) + geom_tile(color="black",fill="white")+ geom_scatterpie(aes(x=long,y=lat,r=0.4),data=df, color=NA, cols=c("Abditibacteriota","Acidobacteriota","Actinobacteriota", "Alphaproteobacteria","Bacteroidota")) + coord_equal()+ scale_fill_brewer()+ scale_x_discrete(expand = c(0,0))+ scale_y_discrete(expand = c(0,0))+ theme_test()+ theme(axis.text.x=element_text(angle = 90,vjust = 0.5,hjust = 1), axis.ticks = element_blank(), axis.text.y=element_blank(), axis.title = element_blank(), legend.title = element_blank(), legend.key=element_blank(), # 图例键为空 legend.text = element_text(color="black",size=9), # 定义图例文本 legend.spacing.x=unit(0.1,'cm'), # 定义文本书平距离 legend.key.width=unit(0.5,'cm'), # 定义图例水平大小 legend.key.height=unit(0.5,'cm'), # 定义图例垂直大小 legend.background=element_blank())绘制文本
p2 <- df %>% select(name,lat) %>% arrange(lat) %>% mutate(type="A") %>% ggplot(aes(type,name))+ coord_cartesian(clip="off")+ scale_x_discrete(expand = c(0,0))+ # scale_y_discrete(expand = c(0,0))+ theme(panel.background = element_rect(fill="white"), axis.ticks = element_blank(), axis.text.y=element_text(color="black"), axis.title=element_blank(),axis.text.x=element_blank())拼图
ggdraw(xlim=c(-0.45,1))+ draw_plot(p2,x=-0.4)+ draw_plot(p1,x=0.06)AI大模型学习福利
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