复现《nature communications》散点小提琴图+蜜蜂图
今天我们学做一下NC文章的小提琴图，有小提琴图，也有散点，其实看过之前系列文章的人如果能够联想，可以想到这个的结合。只不过这篇文章的图有个特点是散点分布和小提琴图形状一致，在画散点的时候利用geom_quasirandom 代替geom_jitter即可。
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原文提供了原始作图数据，可去官网下载。
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作图：
读入数据
setwd("D:/KS项目/复现NC") A <- read.csv("Fig3f.csv", header = T) A$Integrated.density <- 0.001*A$Integrated.density library(ggplot2) library(ggbeeswarm) library(ggpubr) A$Biological.replicate <- as.factor(A$Biological.replicate)计算平均值、sd等：
library(dplyr) B <- A %>% group_by(Treatment) %>% mutate(upper = quantile(Integrated.density, 0.75), lower = quantile(Integrated.density, 0.25), mean = mean(Integrated.density), median = median(Integrated.density), sd = sd(Integrated.density))ggplot作图：
ggplot(A,aes(x=Treatment,y=Integrated.density))+ geom_violin(width =0.8,fill='#EDEDED',color='#EDEDED')+ geom_quasirandom(aes(color=Biological.replicate),width = 0.4,size=2.5)+ scale_color_manual(name = 'Rep.', values = c('#FFD7A8','#F2A9A9','#BAB099'), labels = c('1','2','3'))+ theme_classic()+ labs(x=" ", y=expression('Integrated density (x'~10^3~')'))+ theme(axis.title.y = element_text(colour = 'black',size = 16), axis.text = element_text(colour = 'black',size = 14), axis.line = element_line(size = 1), legend.title = element_text(size = 14), legend.text = element_text(size = 14))+ guides(color=guide_legend(override.aes = list(size=4)))+ geom_errorbar(data=B, aes(ymin = mean-sd, ymax = mean+sd),width = 0.2,size=0.5)+ stat_summary(fun = "mean", geom = "crossbar", mapping = aes(ymin=..y..,ymax=..y..), width=0.4, size=0.3)+ stat_summary(aes(fill=Biological.replicate), geom="point", fun = mean, shape=21, size=6,stroke=1.3)+ scale_fill_manual(values = c('#FFAF51','#E65454','#756233'))+ geom_signif(data=A, aes(xmin=1, xmax=2, annotations="0.3008367", y_position=310), textsize = 5,tip_length = c(0, 0), manual=TRUE, size = 0.5)+ guides(fill=guide_legend(title = 'Mean'))image.png
结果基本是一致的，不同之处在于误差线，我是按照mean±sd，和原文有出入。其次Mean的图例，这里没有修改，不知有啥好办法，原文只有一个圈，其实用annotate函数可以加上。
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